الف) نقش قارچ ها در تصفیه ی فاضلاب
توانایی قارچ ها در تجزیه ی ترکیبات آلی فاضلاب می تواند به اندازه ی توانایی باکتری ها باشد ، اما اگر به صورت جمعیت های غالب میکروبی فاضلاب در آیند نامطلوب است . دیواره ی خارجی قارچ ها بر خلاف دیواره ی باکتری ها سست است و به سادگی پاره و از هم گسیخته می شود . این نقص می تواند موجب انسداد صافی ها شود و شرایط بی هوازی را برقرار سازد . PH فاضلاب در کنترل مقدار و انواع قارچ های موجود اهمیت فراوان دارد . مثلاً غالبیت ژئوتریکوم کاندیدوم ممکن است معادل PH پنج یا کمتر باشد .
ب) نقش جلبک ها در فاضلاب
هر چند جلبک ها را می توان به صورت پوششی در لایه های فوقانی صافی مشاهده کرد ، اما نقش آنها در فرآیند تصفیه اندک بوده و حتی ممکن است کارایی صافی را نیز کاهش دهند . در حوضچه های کوچک که مدت نگهداری فاضلاب در آنها حدوداً به یک هفته می رسد ، جلبک ها با فرآیند فتوسنتز ، اکسیژن کافی در اختیار باکتری ها قرار می دهند و در مقابل از باکتری ها دی اکسید کربن و ترکیبات آلی و غیر آلی را در یافت می کنند . در این جاPH نیز عامل مهمی است . برای مثال می توان به جلبک غالب سلناستروم [1][5] در فاضلاب حاصل از کارخانه ی لبنیات سازی که با داشتن گونه های استرپتوکوکوس لاکتیس دلاکتر باسیلوس تا حدودی اسیدی است ( PH=5/8 ) اشاره کرد .
پ) توليد متان و تصفيه فاضلاب
توليد متان در دماي بالا به وسيله ي كشت هاي مخلوط نامعين ، يكي از مشخصات هضم بي هوازي لجن باقي مانده درسيستم تصفيه فاضلاب شهري مي باشد . ارزش متان به عنوان سوختي كه مي تواند در وسايل موجود استفاده شود و يا ذخيره شده و سپس منتقل شود ،* باعث انجام تحقيقات قابل ملاحظه اي شده است . براي مثال توليد متان از ميگزوباكترآوتوتروفيكوس استفاده مي كنند .